دو واقعه مهم زمان حكمراني هلاكوخان بود. يكي تأسيس رصدخانه مراغه بود بفرمان او و ديگري اينكه سعدي شاعر معروف ايران در آن زمان مي زيست.
در اين زمان مسيحيان بيشتر از مسلمانان طرف توجه بودند. ولي متأسفانه از اين حسن رفتار حكومت با خودشان سوء استفاده كردند و بناي بدرفتاري با مسلمانان را گذاشتند و يك نمونه از رفتار زشت آنها اين بود كه در ماه رمضان مخصوصاً شراب مي خوردند و از آن مشروبات توي مسجد و روي لباس مسلمانان مي ريختند. ديگر اينكه صليب را توي كوچه و بازار مي گرداندند و همه مغازه دارها بايستي بلند شوند و اگر بلند نمي شدند با آنها بدرفتاري مي كردند.
پادشاهان مغول تا سال 1295 ميلادي با مسيحيان همراه بودند و حتي ارغوان حاضر شد تعميد بگيرد ولي فقط در اورشليم، ولي بقدري كليساهاي غرب سرگرم كارها و منازعات خودشان بودند كه به اين خواسته او توجهي نكردند. در همين سال يعني اوائل قرن چهاردهم وقي غازان خان ديد كه نمي تواند در مملكتي كه اكثريت افراد آن مسلمانند حكومت كند، بوسيله يك ايراني بنام نوروز مسلمان شد. جانشين او الجايتو رسماً مسلمان بود ولي كاري با مسيحيان نداشت و اما در سال 1323 آخرين خان مغول ابوسعيد با دولت مسلمان مصر معاهده دولتي امضاء كرد و اين پايان دوستي او با مسيحيان بود. از اين تاريخ كم كم مسيحيت در ايران رو بتنزل گذاشت و دايره هاي اسقفي بتدريج تعطيل شد. وقتي اسقفها مي مردند يا مي رفتند كسي بجاي آنها تعيين نمي شد و مسيحيت يك اقليت كوچك و بي اهميتي شد كه در حيات سياسي و ديپلوماتيك ايران هيچ دخالتي نداشت.
صد سال بعد امير تيمور ممالك تركستان، ايران،روسيه و هندوستان، بين النهرين را فتح كرد، شهرها را ويران و خراب ساخت و زمين را با خون ميليونها مردم رنگين نمود. مثلاً در اصفهان به امر او سر 70000 نفر را بريدند و از آن مناره ها بيادگار قهر و غضب تيمور بنا كردند. امير تيمور بر خلاف ساير مغولها مسلمان متعصبي بود و ابداً توجهي به مسيحيان ننمود بلكه با ضرب شمشير آنا را مجبور به قبول اسلام كرد.
بدينطور در اثر قتل عام مسيحيان، مسيحيت در زمان تيمور لنگ تقريباً از صفحه ممالك آسيا ناپديد شد. بعضي از مسيحيان به كوهستان كردستان فرار كردند و امروز فرزندان آنها در مغرب ايران و در بين النهرين پراكنده اند و عده اي هم از اين مسيحيان در جنوب هندوستان سكني كردند كه بقاياي كليساي قديم هستند. و كليساي چين هم در نتيجه جفاي سختي كه در قرن چهاردهم روي داد بكلي از بين رفت، علاوه بر قتل عام مسيحيان و جفاي تيمور لنگ دو عامل ديگر نيز در تسريع سقوط كليساي ايران و تنزل مسيحيت دخالت داشتند.
عامل اولي اين بود كه انجيل از زبان سرياني بزبانهاي بومي ملل مختلف مشرق زمين ترجمه نشده بود و وقتيكه عوامل سياسي براي انهدام كليسا افتاد مسيحيان با اسلحه انجيل بزبان بومي خودشان مسلح نبودند و نتوانستند در مقابل آنها مقاومت كنند.
دوم اينكه تمام تشكيلات كليساها زير نظر كاتوليكوس بود كه در بين النهرين ساكن بود و ممكن نبود اسقفي براي شهرهاي ايران بدون موافقت او تعيين شود و اين مسئله ضربه مهلكي بحيات كليساي ايران زد چون گاهي سالها مي گذشت كه چند ناحيه كليسايي بدون اسقف و تشكيلات صحيح بودند.
اين وضع ادامه داشت تا ورود اولين دسته مبشرين اروپائي به ايران، اين مبشرين از گروه دومينيكن ها بودند كه در ايران و بيشتر در قسمت شمالي مشغول بشارت شدند. مراكز آنها در تبريز و در گرگان و مراغه بود و در سلطان آباد هم كه پايتخت مغولها بود مشغول بشارت انجيل بودند و ديرهايي در آنجا تأسيس كردند. كمي بعد پيروان سن گرگوري معروف به موربخش وارد ايران شدند ولي همه زحمات آنها با حمله وحشيانه تيمور لنگ از بين رفت. از زمان غازان خان مبشرين اين فرقه تا قرن 18 در ايران فعاليت داشتند.
با حمله و قتل و غارت و خرابي تيمور لنگ كليساي ايران كه صد سال بود در حال ضعف و ركود بود بكلي از بين رفت البته عوامل ديگري هم در از بين رفتن و سقوط كليسا بي اثر نبود از جمله:
1- كناره گيري ايمانداران از دنيا و ماديات
2- اختلافات عقيده سر جنبه الوهيت مسيح
3- نداشتن انجيل بزبان رسمي ايران
سادگي مذهب اسلام و مساوات مردم و توجه به دنيا و ماديات علت پيشرفت اسلام بود. ولي با وجود پيشرفت روزافزون اسلام مسيحيت هميشه يك رشته جويبار مداومي در زندگي ايران و ايراني بوده و از درون فلسفه و ادبيات و شعرهاي دانشمندان و شاعران ايراني تراوش كرده، پروفسور آربري شعري از اشعار حافظ را به انگليسي ترجمه كرد و در كتاب خودش ذكرنمود كه اغلب ايرانيان با اين شعر آشنائي كامل دارند:
فيض روح القدس را باز مدد فرما ديگران هم بكنند آنچه مسيحا مي كرد.
بعد از دوران حكومت مغول و بعد از هجوم وحشيانه و خرابي تيمور لنگ بار ديگر ايران دچار هرج و مرج و بي نظمي شد. قبايل ترك يكي پس از ديگري حكومت را بدست مي گرفتند، تا اينكه بالاخره پسر يكي از صوفيهاي اردبيل، شيخ اسمعيل پسر شيخ صفي الدين اسحق، قدرت را بدست گرفت. شيخ صفي الدين خودش سني بود ولي فرزندان او بفرقه شيعه پيوستند و علتش هم متمايز بودن و جدا شدن از تركها بود كه سني هاي متعصبي بودند.
شاه اسمعيل نه فقط فرزند يك ملا بود بلكه نوه او زن حسن بود كه سابق در ايران حكومت مي كرد.در زمان حكومت سلاطين صفويه روحيه شاه دوستي و امين بودن به شاه و ميهن كه قبل از اسلام در ايران حكمفرما بود مجدداً رونق پيدا كرد و تجديد حيات يافت. شاه اسمعيل خودش را تجسمي از علي مي دانست و ادعا داشت همه به او سجده كنند. عده اي را بنام (دوستداران شاه) دور خودش جمع كرد و آنها را طوري تعليم داد كه فوق العاده نسبت به او وفادادر باشند. تمام قدرت مذهبي و سياسي در شخص شاه جمع شده بود و بقدري پادشاهان صفوي روي اين موضوع تكيه كرده بودند كه وقتي كريم خان زند روي كار آمد خودش را وكيل مردم خواند.
در زمان حكمراني سلاطين صفويه بود كه پاي مسيونهاي مذهبي كاتوليك مجدداً به ايران باز شد و كار آنها به اينطريق شروع شد.
پرتقاليها در سال 1570 ميلادي جزيره هرمز را كه در خليج فارس است بتصرف درآوردند و آنرا مركز عمده تجارت كردند. اهالي اين جزيره تركيبي بودند از اعراب، يهوديها، ايرانيها و پرتقاليها. تعداد پرتقاليها روز بروز زيادتر و زيادتر مي شد و بهمين دليل بود كه در سال 1575 كه يك عده از مبشرين و رهبانان گروه سن اگوستين براي شباني و بشارت بين كاتوليكها به جزيره هرمز آمدند. در سال 1582 پدر سيمون مورالس سرپرست رئيس فرقه اگوستينها بفرمان فيليپ پادشاه هلند بعنوان نماينده او بدربار شاه خدابنده وارد شد و مورد استقبال گرمي قرار گرفت. و شاه از او خواست كه پسرش حمزه ميرزا را درس بدهد. حمزه ميرزا به مسيحيت علاقه نشان داد و ممكن بود كه به مسيحيت بگرود. ولي متأسفانه حمزه ميرزا در جواني مرد و پسر ديگر سلطان خدابنده، عباس، پدرش را كور كرد و سپس زنداني كرد و خودش بنام شاه عباس بسلطنت رسيد. سال بعد دو نفر انگليسي بنامهاي رابرت و آنتوني شرلي وارد اصفهان شدند. آنتوني كه خيلي مشهور و عجول بود شاه را وادار كرد كه او را بعنوان نماينده خود بربار فرمانروايان ممالك اروپا بفرستد ولي او نماينده اميني نسبت به شاه نبود و وضع ايران و شخص شاه را بطريق صحيحي معرفي نكرد و مقاصد شاه را كاملاً برخلاف آنچه نظر او بود بغرب معرفي كرد. همراهان و ملتزمين او در اين سفر زياد بودند و سه نفر از آنها در روم بمسيح ايمان آوردند. مملكت بعدي اسپانيا بود كه در آنجا نيز سه نفر از منشيهاي او مسيحي شدند. يكي از آنها اولق بگ، پسر سلطان علي بگ كه در جنگ با عثمانيها كشته شده بود در قصر والادوليد تعميد گرفت و ملكه اسپانيا مادر تعميدي او شد. او بزودي يك كتابي راجع به مسافرتهايش و تاريخ ايران نوشت و انتشار داد. در نتيجه اين مسافرتها و تعميد عده اي از ايرانيان در اروپا پاپ فكر مي كرد كه شاه عباس مبشرين را در ايران مي پذيرد و شايد هم روزي خودش ايمان آورد.
در زمان شاه عباس هيئت هاي متعددي از كشورهاي مسيحي مذهب به ايران آمدند و آرامش داخلي پس از سالها انقلاب و هرج و مرج مجدداً برقرار شد و تسهيلاتي كه شاه عباس براي خارجيان قائل شده بود تجارت ايران را رونق بسزايي داد. شاه عباس سلطان مستقل و مستبدي بود و با اتخاذ سياست عاقلانه اي عثمانيها را از ايران بيرون كرد و وحدت ملي ايران را تأمين كرد. دوران سلطنت او را دوره بسط فرهنگ و علم و هنر در ايران مي توان نام برد.
در سال 1601 دو نفر پرتقالي ديگر از فرقه مذهبي آگوستين به ايران فرستاده شدند با اين مقصود كه كار اصلي آنها بشارت باشد و شايد بتوانند شاه را مسيحي كنند ولي آن دو نفر بقدري با هم اختلاف داشتند و بقدري در ايران بدرفتاري كردند كه مورد تمسخر قرار گرفتند و به مسيحيت لطمه بزرگي وارد كردند. بعد از آن دو نفر ديگر بنام ديپلومات و براي مقاصد سياسي از گوآ به ايران آمدند آنها هم پرتقالي بودند و قرار بود نماينده دولت پرتقال باشند و سمت مسيونر و مبشر نداشتند و از طرف پاپ و مقامات مذهبي پشتيباني نمي شدند. ولي بقدري خوب رفتار كردند كه در اصفهان جلب توجه درباريان را كردند و بزودي خانه اي در اختيار آنها گذاشتند و آنها در آنجا ديري ايجاد كردند و بهر حال علاوه بر خدمت رسمي دولتي خودشان بكار بشارت هم غير رسمي ادامه دادند. بنابراين از همان اوايل خدمت مبشرين، سياست با مذهب آميخته شد و ايرانيها هنوز هم نمي توانند باور كنند كه مبشرين فرقه هاي مذهبي كارمندان و فرستاده هاي دولتهاي متبوع خود نيستند و روابط سياسي با آنها ندارند.
در اواليل سلطنت شاه عباس فرقه مذهبي جزويت ها وارد دربار مغولها در هندوستان شد. زبان رسمي دربار هند در آن زمان فارسي بود و يكي از مبشرين بنام پدر ژروم اكساويا تعداد زيادي كتاب بفارسي ترجمه كرد و زندگاني مسيح را بنام ( داستان مسيح) بفارسي نوشت كه خيلي مورد توجه واقع شد. چون افسانه هايي در آن نوشته بود كه در انجيل نبود. ولي در سال 1638 ميلادي يكنفر پروتستان آنرا بزبان لاتين ترجمه كرد و نشان داد كه چقدر فساد و خرابي در تعليمات و مذهب كاتوليك وجود داشت. كتاب ديگري هم بفارسي پدر ژروم نوشت بنام آينه حق نما كه مغول بزرگ هند آنرا براي شاه ايران فرستاد اين كتاب مورد بحث و گفتگو و ايراد زيادي قرار گرفت و شخصي بنام احمد بن زين العابدين جواب بسيار زننده اي به مسيحيان گروه كارملايت كه اين كتاب را به او داده بودند داد. آنها هم جواب زين العابدين را به روم فرستادند و يك دانشمند علم الهي بنانم پدر فيليپ گوآدوگنولي طوري جواب ايراد و ادعاي احمد زين العابدين را داد كه در او بقدري مؤثر افتاد كه مسيحي شد و داستان بطور بسيار دوستانه و مؤدبانه از هر دو طرف خاتمه پيدا كرد.
در اوايل قرن 17 شاه عباس اهالي مسيحي ارمنستان را مجبور كرد كه به نقاط ديگر ايران نقل مكان كنند و در حدود 20000 خانواده را به گيلان و مازندران فرستاد و عده اي را در اطراف فرح آباد و 75000 نفر را به ولايت جنوبي و حوالي زاينده رود اصفهان سكونت داد و آنها در آنجا شهري ساختند بنام جلفاي نو و بقيه هم در دهات اطراف اصفهان جا گرفتند. اغلب اين ارامنه صنعتكار بودند و شاه عباس از آنها براي تزئينات پايتخت تازه و بناهاي جديدي كه مي ساخت استفاده مي كرد. و حضور آنها در اين مملكت براي آينده ايران و مسيحيت تأثير زيادي داشت. مرتباً آنها تهديد مي شدند كه مسيحيت را ترك كنند و اسلام را بپذيرند ولي بندرت چنين كساني پيدا مي شدند.
ارامنه ايراني مايل بودند همان مذهب اصلي خود را كه از اول در ايران ريشه گرفته بود پيروي كنند و اغلب مبشرين و مرسلين كاتوليك كه به ايران مي آمدند با ارامنه در تماس بودند و براي مدت 150 سال اين تماسها ادامه داشت ولي خيلي زياد مخالفت و رقابت مي كردند و همين امر يكي از موانع بزرگ براي پيشرفت مسيحيت و كار بشارت بود. مبشرين اصرار داشتند كه ارامه پيرو عقايد آنها باشند و يكي ديگر از اشكالات و موانع عدم پيشرفت مسيحيت در آن زمان اين بود كه مبشرين اوليه كه به ايران مي آمدند دو نقش داشتند، هم نماينده يك مذهب خارجي بودند و هم ديپلوماتهاي دولتهاي خارجي، و بر خلاف ميل خودشان بيشتر اوقات با كليساهاي ارامنه درگير مي شدند و اين نفاقها باعث شكست مسيحيت مي شد.
در اين زمان نفوذ سياسي قدرتهاي اروپايي و ثبوت قدرت آنها رو به تنزل بود. اغلب با هم در جنگ بودند و اگر موقتاً صلح مي كردند دوره اش كوتاه بود. بنابراين نه فقط دسته هاي مختلف مبشرين با ارامنه اختلاف داشتند بلكه گروههاي مختلف مبشرين نيز از ممالك مختلف اروپا با هم نمي ساختند. اين اختلافات زماني بيشتر شد كه ممالك پروتستان مانند انگلستان و هلند نماينده هاي تجارتي خودشان را به ايران فرستادند و آنها سعي كردند كه تمام مبشرين كاتوليك را از ايران بيرون كنند و يكي از پدران كاتوليك بنام پدر برنارد دوسن ترز در نامه اي در سال 1641 نوشت: من اقرار مي كنم كه مسيحيان در اين مملكت خيلي بيشتر بمن زحمت دادند و جفا رساندند تا غير مسيحيان و بي ايمانان.
گروه ديگري كه خيلي جدي در كار بشارت بودند، بنام ميسيون كارملايت در سال 1607 وارد ايران شدند. با احتياط و فداكارترين دسته مرسلين بودند و 150 سال در ايران بشارت دادند و رفتار ساده و پر محبت آنها تأثير زيادي در اطرافيان داشت. اين گروه در سال 1608 به حضور شاه پذيرفته شدند و هداياي خودشان را كه يك صليب طلا و كريستال و يك كتاب عهد عتيق مينياتور و يك شيشه ودكا از طرف امپراطور روس بود تقديم كردند. اين مرسلين نمونه بسيار خوبي از مسيحيت بودند و زندگاني پاك و مسيحيائي آنها خيلي بيشتر مورد توجه قرار گرفت. يكي از مبشرين بنام پدر جان تادئوس خيلي مورد توجه شاه قرار گرفت و با او صميمي شد. شاه بقدري به او اطمينان داشت و مورد اعتمادش بود كه او را به سمت نماينده خودش بدربار تزار روسيه و بعداً به حضور شاه لهستان و بالاخره بحضور پاپ فرستاد. پدر جان وقتي در استرخان روسيه مورد سوء ظن قرار گرفت و او را جاسوس ايران خواندند توقيفش كردند، بزندان انداختند و او را زجر و شكنجه كردند و مورد تعدي زيادي قرار گرفت. بالاخره با وساطت شاه عباس آزاد شد.او در سال 1614 به ايران برگشت و با اينكه مجبور بود داخل سياست باشد، قلباً يك مبشر واقعي بود و پيشنهادهاي بسيار خوب و سازنده اي براي كليساهاي ايران و مسيحيان داد كه اگر چنانچه به آنها عمل مي شد بناي يك كليساي بومي پايه ريزي مي شد. ولي همه پيشنهادهاي او را كليساي روم رد كرد. بعضي از پيشنهادهاي او اينها بودند: آئين عشاء رباني، كتاب نماز و دعاي كاتوليك بزبانهاي تركي و فارسي ترجمه شود كه مردم بتوانند شركت كنند. ديگر از پيشنهادهاي او به روم اين بود كه ايمانداراني كه شغل و هنرشان موسيقي،ساعت سازي، و نقاشي مي باشد بتوانند شاه را در كارهاي ساختماني و فواره سازي و غيره كمك كنند به ايران فرستاده شوند كه در عين اينكه بوظايف خود مشغولند بتوانند مبشرين مسيحي باشند و اين قبيل اشخاص بعقيده او باعث خوشحالي شاه مي شدند و مورد توجه قرار مي گرفتند. ولي به حرف او توجه نشد و سالها و قرنها طول كشيد تا اين پيشنهاد او بصورت يك حقيقت درآمد. پيشنهاد مهم ديگر او اين بود كه يك مدرسه براي بچه هاي مسيحي افتتاح شود تا در اصفهان هم بچه هاي مسيحي و هم غير مسيحي در آن پذيرفته شود و هم بچه هايي كه والدينشان آنها را بقيمت خيلي ارزان مي فروختند و زير فرمانهاي نارواي شاه و وزراي او مي ميردند. ولي تقاضاهاي او رد شد، ناچار مشغول شباني و بشارت در دهاتهاي ايران شد و تا پايان عمر به اين خدمت مشغول بود.
در سال 1614 شاه عباس مجدداً در حدود 60000 خانواده را از جوجيان كوچ داد و آنها را در دهات اطراف اصفهان و شيراز سكني داد. در بين آنها شاه لهراسب بود. خان شيراز سعي كرد او را مسلمان كند ولي او امتناع كرد و بالاخره هم او را خفه كردند.