فاصله زمان بين پايان حكومت خلفاي عباسي و حمله مغول به ايران دوران ناراحتي و طوفان و هرج و مرج دنياي اسلام بود و بخصوص درايران قدرت كم كم از دست خلفاي عباسي به سلسله هاي كوچك ايراني افتاده بود و جدائي و شكاف بين سني هاي متعصب و پيروان علي و مخصوصاً فرقه اسمعيليه و بعداً فرقه شيعه كه عقايد اسلامي آنها در ايران با افكار و فرهنگ و ادب ايراني آميخته شد و شيعه مذهب رسمي ايران گرديد. از همان ابتداي پاي گرفتن مذهب شيعه، تشيع از مسيحيت الهام گرفت و علي را جنبه الوهيت دد و امام حسين و را شهيدي شبيه مسيح معرفي كرد كه با شهادت خود مي تواند واسطه بين خدا و انسان باشد و عقيده برگشت امام دوازده روي همان عقايد رجعت مسيح پايه گذاري گرديد.
در اواخر قرن دهم تركان سلجوقي اسلام آوردند و نيم قرن بعد بطرف تركيه فعلي و ايران سرازير شدند. اين تركان سني مذهب بودند و بار ديگر ايران مجبور شد زير يوغ سني هاي متعصب باشد. يكي از فرمانروايان مهم سلجوقيان الب ارسلان بود كه در سال 1073 امپراطور بيزانتين را شكست داد و دنياي غرب را دچار تهديد اسلام كرد كه در نتيجه سبب جنگهاي صليبي شد.رفتار سلجوقيان و مخصوصاً البارسلان با مسيحيان بسياربد بود و او دستور داد مسيحيان گردنبند آهني بگذارند و يا اسلام را قبول كنند.بهمين دليل مسيحيان ايراني پراكنده شدند و مژده نجات مسيح را با خودشان به آسياي مركزي و دورترين نقاط آسيا و بيشتر به چين و هندوستان بردند. خوشبختانه انتشار مسيحيت بوسيله ايرانيان مخصوصاً در آسياي مركزي بين تركها، مغولها، تاتارها بخوبي پيشرفت مي كرد و ريشه مي گرفت. در اوايل قرن 11 برابر با سال 498 هجري شهرهاي ري و نيشابور در ايران، هرات در افغانستان و مرو در تركمنستان روسيه همگي داراي دواير اسقفي و مراكز اعزام مرسلين و مبشرين مسيحي به ممالك اطراف بود و راهبان و مبشرين براي توسعه كار بشارت از اين دو راه زميني و دريائي به هندوستان و عربستان مي رفتند. عده اي از مسيحيان ايراني هم بعنوان تجارت به اين مسافرتهاي بشارتي اقدام مي كردند و مخصوصاً در شبه جزيره عربي يعني عربستان سعودي امروز كه ساكنانش مركب از يونانيها، اعراب، هنديها و ايرانيها بودند مژده نجات مسيح را مي بردند. بطوريكه در كتابهاي تاريخ ذكر شده 200 سال بعد وقتي ماركوپولو در قرن داوازدهم به عربستان رسيد يك جماعت مسيحي زنده و فعال و در حال ترقي مشاهده كرد.
تاريخ نويسي بنام دكتر مين گانا مي نويسد: انكار نكردني است كه افتخارات بشارت دادن به مردمان آسياي مركزي و اكناف مشرق زمين و افتخار ترويج تمدن غربي در ميان آنها كه مبني بر تعاليم عيسي مسيح است كاملاً سزاوار غيرت فوق العاده و اقدام عجيب كليساي ايران كه آنوقت نسطوري بود مي باشد. هنوز در صحنه دنيا، كليساي ديگري ديده نشده كه به اين اندازه در بشارت انجيل مسيح غيور بوده باشد. حتي ما كه قرنها بعد از آنها بذكر اين وقايع مي پردازيم طبيعتاً از محبت اين اشخاص نسبت به خدا و مسيح و فداكاري آنها نسبت به مردم و رساندن مژده انجيل متعجب مي شويم.
در سال 1937 كه آقاي كشيش شارپ كليساي شيراز را ساخت كليشه اي عين متن اصلي ستون سنگي كه بوسيله مبشرين ايراني در يكي از شهرهاي تاريخي چين برپا شده بود ساخت و بياد آن مبشرين ايراني كه مژده نجات مسيح را بچين رساندند در آن كليسا گذاشت.
در سال 1970 هم كليشه اي از اين لوح سنگي بوسيله روزنامه نويس هلندي فريتس ون هولين تهيه شد كه در موزه واتيكان نگهداري مي شود.
مغولها كه در ايران حكومت مي كردند اصلاًً دشمن مسيحيت نبودند و خودشان ابداً احساسات مذهبي مخصوصي نداشتند ولي در فتوحاتشان بيرحمانه تمامي اهالي شهر ها را از بين مي بردند و حتي در شهرهاي مرو و نيشابور يكنفر را زنده نگذاشتند. تمام شهرها را خراب مي كردند و تجارت و صنعت را بكلي از بين مي بردند. ولي هلاكو نوه چنگيز بدليل اينكه مادرش و يكي از زنهايش مسحي بودند با مسيحيان بهتر بود و وقتي فوت كرد مسيحيان براي او عزاداري كردند.