در ابتداي قرن پنجم كليساهاي روم مشغول كشمكش و اختلافات عقايد بودند و امپراطوران مجبور بودند پي در پي شوراهاي كليسائي را براي رفع اين اختلافات تشكيل دهند. اول شورا نيقيه بود كه مفاد آنرا كليساي ايران پذيرفت وبعد اختلاف بين سانيل اسقف اسكندريه و نستوريوس اسقف قسطنطنيه بود كه پيروان او در ايران و قسطنطنيه مستقر بودند. در سال 341 شوراي افسس به امر امپراطور براي رفع اختلافات اين دو عقيده برپا شد و سرانجام به تبعيد نستوريوس خاتمه پيدا كرد. نستوريوس در ايران پيروان زيادي داشت و يكي از اعتقادات پيروان او جدائي كامل بين جنبه بشري و جنبه الهي شخص مسيح بود. معتقدين به اين عقيده بقدري با افراط اهميت به حقيقت جنبه بشري مسيخ مي دادند كه اشتباهاً آنرا از جنبه الهي جدا مي دانستند و خطر آن مي رفت كه بعقيده ايشان مسيح دو شخصيت جدا داشته باشد. اسقفان شوراي افسس در سال 431 ميلادي تعليم دهنده اين اعتقاد يعني نستوريوس را محكوم نموده و گفتند:
كلمه خدا كاملاً در رحم مريم با جنبه بشري متحد گرديد و فقط يك شخصيت از آن پيدا شد.
مجبوراً شوراي ديگري در سال 429 در افسس تشكيل گرديد كه به مغلوب شدن و محكوم كردن نستوريوس انجاميد و عقايد كليساي غرب بتصويب رسيد.
بتدريج يزدگر كه ابتدا كمال دوستي را با مسيحيان داشت كم كم با ايشان بضديت پرداخت و علت اصلي آن حسادت مغان و موبدان زرتشتي بود. يزدگرد در سال 420 در اثر لگد اسبي وفات يافت و بتصويب مغان پسرش بهرام گور بسلطنت رسيد. بهرام به مغان و روساي دين زرتشت اقتدار كامل براي جفاي مسيحيان داد، مغان هم نمازخانه ها را مي كردند و هر كدام از پيروان مسيح را پيدا مي كردند مغذب مي ساختند و بطريق هولناكي بقتل مي رساندند. بعضي را زنده زنده پوست مي كندند. بعضي را در ميان موشهاي صحرائي گرسنه مي انداختند تا طعمه آنها شوند. زحمات و عذاب مسيحيان بقدري زياد بود كه بسياري از آنان مجبور شدند از سرحد ايران خارج شوند و به مملكت روم پناه برند. بهرام از امپراطور روم خواست كه فراريان را برگرداند، امپراطور قبول نكرد و مجدداً جنگ بين ايران و روم شروع شد و در سال 423 بالاخره جنگ بين دولتهاي ايران و روم خاتمه يافت دولت روم پيروز شد و در عهد نامه اي كه بين دولتها منعقد شد قيد كه دولت ايران آزادي عقيده به مسيحيان بدهد و امپراطوري روم هم زرتشتيان را در عقيده آنان آزاد بگذارد.
گرچه بسياري از مسيحيان حتي بعد از معاهده بين ايران و روم به قتل رسيدند ولي چون اسقف يكي از شهرهائيكه متعلق بروم بود ديد اسراي ايراني را سربازان رومي به غلامي مي برند تمام ظروف طلا و نقره كليسا را فروخت و 7000 نفر از اسراي ايراني را كه مسيحي بودند پس خريد، تمام لوازم سفرشان را تهيه كرد و آنها را نزد بهرام پادشاهشان فرستاد. بهرام وقتي رفتار محبت آميز اين اسقف را ديد كه با دشمنان خود اينطور رفتار كرد متأثر شد و بجفاي مسيحيان در ايران پايان داد.
در سال 438 يزدگرد دوم جانشين پدرش بهرام گور شد و در ابتدا با مسيحيان با مهرباني رفتار مي كرد ولي بعد از هشت سال بدلايلي كه هنوز هم روشن نشده التفات وي تبديل به تنفر گرديد و مسيحيان با جفاي بسيار سختي دست بگريبان شدند. اين جفا در كركوك كه شهري است نزديك موصل از همه جا سخت تر بود بطوريكه چند روز پي در پي مسيحيان ايراني را بر روي تپه پشت شهر مي كشتند و در روزهاي 24 و 25 ماه آگست، 446 نفر ازمسيحيان سرشناس، اسقفها و رهبران كليسا را در كركوك بطرز فجيحي كشتند.اين جفا ها به تدريج به يهوديان و ارامه هم سرايت كرد و بقدري وحشيانه بود كه تا امروز اثر ان در ذهن مسيحيان باقيمانده و سالي يكدفعه مسيحيان كركوك د رآنجا جمع مي شوند و بيادگار ايمانداراني كه قريب به 1500 سال پيش در راه مسيح شهيد شدند مجلس عبادتي نگاه مي دارند.
بعد از يزدگرد و دو سال رقابت و جنگ جانشينان بالاخره فيروز يا پيروز بسلطنت رسيد و مدت 28 سال از سال 456 تا 484 ميلادي سطلطنت كرد. در اين زمان مشاور اصلي او يك شخص مسيحي بود بنام بارسوما كه اسقف شهر نصيبين بود. او از شاگردان مدرسه ادسا كه در خاك روم است بود. شاگردان زيادي از جمله بارسوما بدانجا رفته بودند و عقايد مغرب زمين را با عقايد كليساهاي ايران مربوط مي ساختند و وقتي بوطن خود برمي گشتند بدرجه اسقفي مي رسيدند و بتعليم اعتقاداتي كه در ادسا تحصيل نموده بودند مي پرداختند. يكي از اعتقادات اين شاگردان كه قبلاٌ هم به آن اشاره شد جدا كردن جنبه الهي مسيح و جنبه شخصي او بود.
روزي بارسوما به فيروز گفت: اگر مي خواهيد رعاياي مسيحي شما حقيقتاً بشما بستگي داشته باشند بمن اجازه دهيد تا همه آنها را نسطوري گردانم، بدينطرتيب هم از كليساي امپراطوري روم كه از نسطوريان تنفر دارند جدا مي شوند و هم رعاياي امين و با وفاي شاه خواهند بود.
فيروز اين پيشنهاد را تصويب كرد و بارسوما با يكدسته لشگر شاه عازم سفر شد تا از تمام كليساها بازديد بعمل آورد و همه را نسطوري گرداند. بسياري از مسيحيان اصلاً موضوع عقيده نسطوريت را نفهميده قبول كردند و آنهاييكه درك كردند و در قبول آن مقاومت نمودند با قواي نظامي مجبور بقبول آن شدند. بدينطور نسطوريت اعتقاد رسمي كليساي ايران گرديد و جدائي كليساهاي شرق و غرب در شوراع داديشوع هم به تصويب رسيده بود بدرجه كمال رسيد.
در سال 489 ميلادي ادسا كه عقايد نسطوري را تعليم مي داد به امر امپراطور روم بسته شد و معلمين و شاگردان اين مدرسه همه به نصيبين آمدند و بارسوما از آنها استقبال و نگهداري كرد و در همان شهر نصيبين مدرسه ديگري تأسيس كرد كه شهرتش بمراتب از مدرسه ادسا بيشتر گرديد. شاگردان اين مدرسه همه با هم زندگي مي كردند و با هم بتحصيل كتاب مقدس و دعا و كار مي پرداختند و بعد از اتمام دوره سه ساله مدرسه براي تعليم و موعظه كلام بتمام نقاط ايران مي رفتند. تأسيس اين مدرسه بزرگترين خدمتي بود كه بارسوما بكليساي ايران كرد زيرا بيشتر اين اسقفان و كشيشان براي خدمت و بشارت كلام بسرتاسر ايران مي رفتند و مسيحيت را انتشار مي دادند. يكي از اي همين مبشرين شخصي بود بنام سبا كه فرزند يكنفر زرتشتي متعصب و متمول و شريف بود. سبا نزد دايه مسيحي پرورش يافت و وقتي بسن بلوغ رسيد تعميد گرفت. پس از مرگ پدرش تمام دارائي خود را به فقرا داد و عازم سفر شد تا انجيل را بشارت دهد. اول به هالي رفت و تمام اهل اين شهر و حتي خود موبد آنجا را تعميد داد و نمازخانه اي در اين شهر برپا كرد. بعد با چند تن از رفقاي مسيحي بكوهستان كردستان رفت. كردها اول اين مبشرين را اسير كردند ولي چون فصاحت عجيبي در موعظه كلام آنها و معجزاتي از آنان ديدند متأثر شده مسيحيت را قبول كردند و كليسائي بين آنان تأسيس شد. سبا كشيشي براي آن كليسا تعيين كرد و با رفقايش بدشت فرات رفت، تمام بتخانه ها را خراب كرد و بجاي آنها نمازخانه برپا نمود. و بالاخره در سال 487 ميلادي درگذشت. مسلماً تعداد زيادي از مبشرين ديگر كه ما اسمشان را نمي دانيم نظير سبا بوده اند كه با جديت تام در آنزمان انجيل مسيح را در روستاها و شهرهاي ايران و تركستان بشارت داده اند و كليساهاي متعددي بنا كرده اند.
بعد از فوت فيروز آكاسيوس بمقام كاتوليكوسي رسيد. او هم از شاگردان همان مدرسه ادسا بود و قاعدتاً نمي بايستي اختلافي با بارسوما پيش مي آمد ولي متأسفانه نزاع و دودستگي ايجاد شد و بهمين دليل شورائي در سال 485 در بيت اداراي تشكيل شد كه در آن بارسوما محكوم شد ولي اختلافات تا فوت آكاسيوس ادامه پيدا كرد. درسا 496 قباد جانشين فيروز كمك كرد تا عده اي كه ايجاد اختلاف مي كردند توقيف شوند و يكرنگي و اتحاد در كليسا برقرار گردد.
در زمان سلطنت قباد شخصي بنام مزدك ظاهر شد و ادعا كرد از طرف خدا آمده تا اصلاحاتي در دين زرتشت بنمايد و عقايد جديدي تعليم دهد. بعضي از عقايد او از اينقرار بود: املاك بايد با كمال مساوات بين مردم تقسيم شود، ازدواج بايد از بين برود و هيچكس حق ندارد زني را از آن خود بداند، حيوانات مقدس اند و خوردن گوشت گناه است. مزدك با اين قبيل تعليمات خيلي زود پيشرفت كرد و بيشتر جوانان و فقرا او را پيروي مي كردند.
بعد قباد پسرش انوشيروان عادل جانشين وي گرديد و در اوايل سلطنت خود تمام پيروان مزدك را كه در حدود 000/ 100 نفر بودند در اندك مدتي بقتل رسانيد.
در تمام مدتيكه زرتشيان و موبدان آنها سرگرم جنگ و جدال با مزدكيان بودند،مسيحيان تقريباً امنيت داشتند ولي متأسفانه در داخل كليسا اختلافات و نزاع و كشمكشهاي زيادي وجود داشت و در نتيجه رقابت دو كاتوليكوس كه هر يك خود را رئيس كليساي ايران مي دانستند پيش آمد و اين ناآراميها مدت سي سال طول كشيد. تا بالاخره شخصي بنام مارابا در سال 540 ميلادي بماقم كاتوليكوس رسيد. مارابا از يك خانوانده معروف زرتشتي و جزو مغان بود بعلاوه نايب الحكومه بيت آرماي بود. او روزي ميخواست با قايق از رود دجله عبور كند ديد يكنفر جوان محصل مسيحي در قايق نشسته است، مارابا نخواست با او بنشيند و فرمان داد تا ويرا بيرون كنند. جوان با كمال آرامي بيرون مي رود كه ناگهان طوفان عظيمي حادث مي شود كه مانع از حركت قايق مي گردد. مارابا از كرده خود پشيمان مي شود و جوان را بقايق مي خواند و بمحض ورود او بقايق طوفان برطرف مي شود. مارابا از رفتار خشن خود نسبت بجوان مسيحي معذرت مي خواهد ولي جوان بدو مي گويد كه مسيحي در هيچ موردي بغض يا كينه در دل خود نگاه نمي دارد. اين سخنان بدل مارابا نشست و صحبت خود را با جوان ادامه داد و وقتي بمدائن رسيد در مسيحيت تعليم گرفت و از همه مقامات خود دست كشيد و تعميد گرفت. بعد به مدرسه مسيحي نصيبين رفت و بعد از اتمام تحصيلاتش به قسطنطنيه و اورشليم و مصر سفر كرد و به ايران برگشت و در مدرسه نصبين به تعليم پرداخت.در سال 540 ميلادي اسقفان از او درخواست كردند كه مقام كاتوليكوسي را بپذيرد و كليساي ايران را مرتب و منظم گرداند، مارابا چون خطرات و زحمات اين مقام را مي دانست ابتدا راضي نبود ولي حس اداي وظيفه او را وادار بقبول اين مسئوليت كرد و فوراً بعد از انتصاب بمقام كاتوليكوس با كمال جديت به ترتيب و تنظيم كليسا پرداخت و با همراهي چند اسقف با هم رقابت مي كردند اسقفان لايق را بخدمت بگمارند.مسيحيان در هر كليسا با خوشحالي دستورهاي مارابا را قبول مي كردند و مرتباً مارابا با نامه و مراسلات با آنها درتماس بود. مارابا اختلافات را از بين برد و بقولي همه زخمها را در كليسا شفا داد. بزرگواري و وطن پرستي او توجه شماره را جلب كرد و دوست مورد اطمينان انوشيروان شد. دوستي او با شاه حسادت موبدان را تحريك كرد كه بزودي او را متهم و محكوم كردند. در اين زمان كه مارابا كاتوليكوس ايران بود بعد از 60 سال مجدداً جنگ بين ايران و روم شروع شد. انوشيروان لشگر بسوريه كشيد و شهر انطاكيه را كه ثروتمندترين و قشنگترين شهرهاي مشرق بود به آتش كشيد و گروهي از ساكنين آنجا را به ايران آورد و انطاكيه جديدي نزديك مدائن براي آنها ساخت.
باوجود زحماتيكه مسيحيان ايران سالها براي جدائي كليساي شرق و غرب كشيده بودند، مجدداً اين اشكالات تجديد شد و مغان زرتشتي به قتل و آزار مسيحيان پرداختند و دو اسقف شريف كه يكي از آنها از صاحب منصبان بزرگ شاه بود را بقتل رساندند. اين جفا 5 سال طول كشيد و بعد از 5 سال در سال 545 بپايان رسيد.
در زمان جفاي كليسا انوشيروان براي جنگ از مدائن خارج شده بود، رئيس مغان مارابا را توقيف كرد به اين دليل كه او دين زرتشت را ترك كرده بود و زرتشتيان را براي قبول مسيحيت دعوت مي نمود و بدون اينكه فرصت دفاعي بدو بدهند او را مستوجب هلاكت دانست. مارابا به شخص شاه مراجعه كرد و وقتي بحضور شاه حاضر شد موبدان ويرا دشمن دين مملكت خوانده از انوشيروان خواستند كه او را بقتل برساند. مارابا گفت: من مسيحي هستم و ايمان خود را موعظه مي كنم، و مي خواهم هر كس كه مي خواهد آزادانه با ميل خود ايمان آورد نه از روي اجبار، من هيچكس را مجبور نمي كنم.
مطابق قوانين دولتي متمردين دين زرتشت محكوم به اعدام بودند و اين اعتراف براي قتل او كافي بود. ولي در آنزمان قدرت مسيحيان در ايران بقدري زياد شده بود كه شاه در قتل رئيس آنها ترديد داشت،موبدان براي رفع ترديد شاه كوشش كردند تهمتهاي ديگري به مارابا نسبت دهند،از جمله گفتند: او بدين زرتشت توهين كرده، تعليم مي دهد كه ازدواج با دختر و خواهر و زن پدر و عمه كه مطابق قانون زرتشت حلال و مشروع است، ممنوع گردد. مارابا در جواب گفت كه او قانون خدا را اطاعت مي كند نه قانون زرتشت را.
بهرحال انوشيروان به او پيشنهاد كرد كه اگر او از قبول زرتشتيان به كليسا امتناع ورزد و ازدواج مشروع دين زرتشت را مجاز بداند او را آزاد خواهد كرد. مارابا به اين امر راضي نشد و به امر شاه او را بزندان انداختند و از ترس شورش مسيحيان او را بمكان دور افتادهاي در كوهستان ( شايد تخت سليمان كه 15 فرسخ در جنوب درياچه اروميه است) تبعيد كردند.در ابتدا خيلي با او بسختي رفتار كردند ولي بعد انوشيروان اجازه داد كه مارابا در خانه شخصي خود باشد و دوستانش او را ملاقات كنند. مارابا مدت 7 سال در اينمكان بسر برد، زندان او مركز كليساي ايران گرديده بود و مردم دسته دسته براي اقرار بگناهان، براي حل مسائل كليسائي و جماعتي براي دستگذاري شدن و بركت يافتن از اين پيشواي مقدس بديدنش مي آمدند. بدين ترتيب او با ملاقات با ايمانداران و ارسال نامه كليساي ايران را اداره مي كرد.
مارابا بعد از 9 سال به امرشاه آزاد شد. مارابا در سال 552 بر اثر بيماري درگذشت. گرچه مارابا با شمشير كشته نشد ولي سالهاي پرزحمت زنداني بودن و محاكمات جوبجور بنيه و طاقت او را از بين برد و مي توان گفت كه در راه عيسي مسيح شهيد شد. او قرباني زنده كليساي مسيح شد.
بعد از انوشيروان پسرش هرمز چهارم بسلطنت رسيد ولي بسيار بي لياقت بود و مملكت در اين زمان از لحاظ اقتصادي و جنگهاي پي درپي با روم بسيار ضعيف شده بود و زمان كاملاً رسيده بود كه اعراب بطرف ايران سرازير شوند. آخرين پادشاه ساساني يزدگرد سوم بود كه به بلخ فرار كرد و در آنجا كشته شد.
كليسا در ايران در آخر قرن ششم شبيه به تشكيلات دولتي بود و كاتوليكوس يكي از رؤساي بزرگ مملكتي محسوب مي شد و بعد از موبد موبدان او اولين بود. معمولاً كاتوليكوس از طرف شاه انتخاب مي شد گرچه بسياري از اشخاص معروف و متنفذ ايران تا قرن ششم مسيحي شدند ولي مسيحيت بيشتر در ميان كسبه و صنعتگران پيشرفت كرده بود. در زمان رياست مارابا رئيس تجار، رؤساي صنعتگران، زرگران، حلبي سازان همه مسيحي بودند. در نظام ادارات دولتي و بعضي اوقات در دربار پادشاهان كارهاي مهمي به مسيحيان محول مي شد. انوشيروان و خسرو پرويز هر دو زنان مسيحي داشتند و خسروپرويز بطور غير مستقيم اظهار ايمان مي نمود. بغيير از انوشه زاد يك پسر ديگر انوشيروان هم تعميد گرفت و اسقفي كه او را تعميد داد بامر شاه بقتل رسد. گرچه هنوزمذهب زرتشت از مسيحيت قويتر بود باز مسيحيان اميدوار بودند كه طولي نخواهد كشيد كه نور مسيحيت سرتاسر ايران را روشن خواهد كرد ولي بدبختانه استيلاي اعراب در اول قرن هفتم مانع انجام اين آرزو شد.
مسيحيان ايراني تا قبل از استيلاي اعراب از جدي ترين مبشرين تاريخ مسيحيت بوده اند و نمونه هاي زيادي از فداكاري آنها در راه بشارت انجيل مسيح در تاريخ نوشته شده است و در اثر كار اين مبشرين بيش از 20 اسقف در شرق رود جيحون مشغول به كار بودند.
مسيحيان ايراني غير از تركستان به عربستان و هندوستان هم مسافرت مي كردند و به انتشار مسيحيت مي پرداختند. در بين قبائل عرب مخصوصاً مسيحيت رواج پيدا كرده بود و حتي بعضي از شعراي عهد جاهليت مسيحي بوده اند و شيوخ قبايل عرب از پيشرفت مسيحيت بين قبيله هاي اعراب با اطلاع بودند. در جنوب هندوستان كليسائي بنام مارتوما وجود دارد كه تاريخ آن بسيار قديمي مي باشد و مسلماً در رابطه با اين كليسا در قرن ششم مسيحياني در آن شهر بوده اند و كليساهاي هندوستان تحت نظر كاتوليكوس ايران اداره مي شده است و مسيحيان عربستان هم كاتوليكوس ايران را رئيس خود مي دانستند و اسقفان و كشيشان قبيله هاي ربيعه، بيرا، قسان تغلب و غيره توسط كارتوليكوس مدائن انتخاب و تعيين مي گرديدند.
اغلب مسيحياني كه به تجارت مشغول بودند به ممالك اطراف و مخصوصاً هندوستان مسافرت مي كردند و عقيده خود را با كمال جديت منتشر مي كردند، بعلاوه در مواقع جفاهاي شديد عده اي از مسيحيان براي امنيت به هندوستان ميرفتند و در آنجا باعث تقويت كليساها مي شدند.