با شروع سلطنت ساسانيان مسيحيان درايران وضع نابساماني پيدا كردند. تعداد دقيق آنها معلوم نيست ولي اغلب آنها بسيار تحصيل كرده و طبيب و عالم بودند. دلايل ناراحتي و نا امني مسيحيان در اين زمان چند چيز بود:
1- اول اينكه اردشير ساساني موسس اين سلسله نوه موبد بزرگ زرتشتيان بود كه مسئول آتشكده بزرگ استخر بود و بهمين دليل اردشير قدرت زيادي به موبدان زرتشتي داده بود.
2- دومين و بزرگترين عامل ناراحتي و جفائيكه بر مسيحيان در دوران سلطنت ساسانيان رسيد جنگ بين ايران و روم بود.
در زمان شاپور اول كه جانشين اردشير بود جنگ بين ايران و روم شروع شد. در اين جنگ شاپور غالب شد و والرين امپراطور روم و عده زيادي از همراهان او را اسير كرد و به ايران آورد. اين اسراء در شهري در خوزستان فعلي بنام گندي شاپور يا جندي شاپور جا گرفتند. عده اي از اين اسراء مسيحي بودند و ديميتريوس اسقف انطاكيه هم در بين آنان بود. شهر جندي شاپور بعدها مركز علمي و پزشكي ايران تا بعد از حمله اعراب بود و عده زيادي از پزشكان و علماي اين شهر مسيحي بودند. اولين اسقف مشهوري كه در كليساي ايران از او اسم برده شده شخصي بود بنام پاپا كه اسقف تيسفون پايتخت سلسله ساساني بود ( در حدود سال 300 ميلادي) پاپا سعي كرد قدرت و حدود دايره اسقفي ايران را تعيين كند ولي ساير اسقفان كه زرتشتي الاصل بودند با او مخالفت كردند و در جلسه شوراي اتحاديه كليساها كه در مدائن تشكيل گرديد ( 315 ميلادي) آنقدر بگومگو بر سر عقايدشان در گرفت كه پاپا سكته كرد و مرد و كارها و اقداماتش به نتيجه نرسيد.
مهمترين واقعه تاريخ اين زمان اوايل قرن چهارم در سال 323 ميلادي مسيحي شدن قسطنطين امپراطور روم بود كه مسيحيت را مذهب رسمي امپراطوري خودش اعلام كرد.
يوسيليوس تاريخ نويس معروف نوشته كه قسطنطين نامه اي به شاپور دوم نوشت و از او براي آزادي مسيحيان تشكر كرد و اظهار اميدواري نمود كه مسيحيت روزبروز در ايران پيشرفت كند. تا زمانيكه قسطنطين زنده بود همه چيز به خوبي گذشت ولي وقتي او در سال 337 فوت كرد رفتار شاپور دوم هم نسبت به مسيحيان ايراني تغيير كرد و آنها را خائن خواند. شاپور مي گفت مسيحيان از دولت روم كه همدين و هم عقيده آنهاست طرفداري مي كنند و آنها را دوستان مخفي امپراطوري روم مي دانست.
در سال 340 ميلادي سه سال بعد از فوت قسطنطين شاپور دوم بشمعون برسبع اسقف تيسفون پايتخت ساساني پيغام داد كه از اين به بعد مسيحيان بايد دو برابر ماليات بپردازند. شمعون اين دستور را اجرا نكرد. او را به دربار شاپور احضار كردند و به او مهلت دادند كه اين دستور را انجام دهد ولي او گفت من فقط شبان گله خداوندم نه ماليات بگير. او گفت جمع كردن ماليات كار او نيست و گذشته از اين مسيحيان فقير و بي چيزند و استطاعت پرداخت ماليا مضاعف را نداند. شاپور بعد از شنيدن جواب شمعون غضبناك شد و گفت شمعون مردمان خويش را بضد من ياغي كرده و از قيصر كه هم ملك ايشانست اطاعت مي كند. بنابراين فرمان توقيف شمعون و انهدام نمازخانه ها را داد و بدين طريق دستور جفاي مسيحيان شروع شد و تا مرگ شاپور كه 40 سال طول كشيد ادامه پيدا كرد. اجراي فرمان پادشاه با موبدان و مغان زرتشتي بود كه مي گفتند: مسيحيان تعليمات مقدس ما را خراب كرده اند و مردمرا تعليم مي دهند كه فقط يك خدا را عبادت نمايند و به خورشيد و آتش احترام نمي گذارند. متأسفانه يهوديان هم با موبدان و مغان همكاري مي كردند و آنان را تسليم رؤساي دولتي مي كردند و رؤسا هم منتهاي سعي خود را مي نمودند كه مسيحيان را به انكار وادار كنند ولي موفق نمي شدند و در نتيجه وقتي از ايمان خودشان دست بر نمي داشتند يا سنگسار مي شدند ويا طعمه شير مي گشتند و يا بتدريج پاره پاره مي شدند و يا بطريق هولناك ديگري مضروب شده و بقتل مي رسيدند. دليري مسيحيان در اين موارد باعث ايمان آوردن بعضي از تماشاچيان مي شد. وقتي شمعون كاتونيكوس توقيف و گرفتار شد او را با نظاميان بمحل سكونت شاپور به شوش ( شوشتر امروزي) آوردند. شمعون بحضور پادشاه بخاك نيفتاد، شاپور بدتر غضبناك شد و گفت هر چه بتو نسبت داده اند درست است تو كه به من احترام نمي گذاري و بخاك نمي افتي و از دادن ماليات مضاعف هم خودت خود داري ميكني و هم از هم مسلكانت دريافت نمي كني! پس حالا اگر مي خواهي كشته نشوي خورشيد را عبادت نما. شمعون در جواب گفت چگونه خورشيد را كه عقل و فهم ندارد عبادت كنم؟ باز شاپور به وي گفت: روا نيست كه فقط براي لجاجت در عقيده خودت باعث مرگ بسياري شوي. برو خورشيد را كه بوسيله آن همه چيز زندگي مي كند عبادت كن. شمعون در جواب گفت: از مرگ ترسان نيستم براي من و ساير مسيحيان مرگ بركتي خواهد بود،خداوند تاج حيات را نصيب ما خواهد گردانيد. روز بعد كه جمعةالصليب بود بار ديگر شمعون را احضار كرد و گفت: فقط يك دفعه خورشيد را عبادت نما! شمعون سالخورده جواب داد: نمي توانم به دشمنانم فرصت دهم كه بگويند در دقيقه آخر ايمانش ضعيف شد و عبات بت را بر خداي واحد حقيقي ترجيح داد. آنگاه پادشاه چون موفق نشد او را وادار به انكار كند دستور قتل او را صادر نمود. ( 339 ميلادي) شب آخر در زندان انجيل را گرفت و بصد نفر ديگر كه قرار بود كشته شوند راجع به صليب مسيح و زحمات او و هم راجع به پولس صحبت كرد و گفت امشب آخرين روز زندگي ما در اين دنياست و فردا همه در حضور مسيح خواهيم بود. بعد عشاء رباني بهمه داد و صبح وقتي يكي يكي كشيشان را سر مي بريدند بهر يك از آنها مي گفت چند دقيقه چشمت را ببند و بعد در حضور مسيح خواهي بود. و چون خودش آخرين نفر بود كه سر بريده شد خدا را اول شكر كرد كه هيچ كس ايمانش را انكار نكرده و بعد شكر كرد كه خداوند آنها را لايق اين شهادت دانسته كه روز جمعةالصليب شهيد شوند. در همانروز شمعون با 5 اسقف و صد كشيش مسيحي كه در زندانهاي شهر اسير بودند بقتل رسيدند. (341 ميلادي) تاريخ كليساي قديم بقلم دكتر ميلرص 279.
اسامي 16000 نفر كه در اين زمان جان خود را در راه مسيح دادند در تاريخ ثبت گرديده، اگر چه عده مسيحيان ايراني بسيار بود باز بهيچوجه در تاريخ ديده نشد كه مسيحيان براي دفاع از خود شمشير كشيده باشند. مسيحيان با شجاعت بينظيري باستقبال مرگ مي رفتند و افتخار مي كردند كه تا به مرگ نسبت به منجي خودشان امين مانده اند. استقامت مسيحيان شاپور را بسيار خشمگين ساخت و حكمي براي جفاي عموم مسيحيان امپراطوري خود صادر كرد. اعلاميه شاپور بدين شرح صادر شد:
اين مسيحيان كه در مملكت ما زندگي مي كنند از قيصر روم طرفداري مي نمايند و دشمنان ما هستند. بعد از اين اعلاميه مدت ده روز مسيحيان قتل عام مي شدند و مردان و زنان و اطفال بسيار شربتر مرگ را چشيدند، خواهر شمعون كاتوليكوس هم در جزو اين اشخاص بود. و مرتباً كشيشان و اسقفان بعد از چندين ماه زنداني شدن بقتل مي رسيدند. در سال 342 شاهدوست كاتوليكس كه جانشين شمعون بود با 128 كشيش بعد از 5 ماه حبس بقتل رسيدند.
بارباشيمي (Bar Bashimi ) كاتوليكوس سوم هم در سال 345 بعد از يازده ماه، كه زنداني بود بقتل رسيد. در همانسال 345 ميلادي 120 كشيش ديگر نيز بقتل رسيدند.
در نتيجه اين جفا تا 20 سال بعد ديگر كسي براي اشغال مقام كاتوليكوس انتخاب نشد. اين جفا در تمام قسمتهاي ايران بشدت ادامه داشت. در سال 360 ميلادي شاپور يكي از شهرهاي بين النهرين را از روميان گرفت و 9000 اسير از آنجا به خوزستان آورد. شاپور فرمان داد كه 300 نفر از بزرگان اين مسيحيان را بدشت حاصلخيزي ببرند و در آنجا از طرف پادشاه اعلام كنند كه چنانچه مسيح را انكار كند و مذهب پادشاه را قبول كنند زمين مذكور براي سكونت به آنها بخشيده خواهد شد. اسقف بهمه موعظه نمود تا در ايمان ثابت بمانند، 275 نفر اعتراف نيكو كرده اعدام گرديدند فقط 25 نفر انكار كردند و زنده ماندند ولي بسياري از اين دسته اسراي مسيحي كه به امر شاپور بنواحي شرقي ايران فرستاده شدند در انتشار مسيحيت در اين نقاط كمك بزرگي كردند. بالاخره در سال 1379 ميلادي شاپور وفات كرد و با مرگ وي جفاي هولناك مسيحيان به پايان رسيد. كليساي ايران تا به ابد مفتخر است كه با كمال صبر اين آزمايش آتشين را متحمل گرديد و مسيح منجي خود را انكار ننمود و حتي در موقعيكه جفا با نهايت شدت ادامه داشت كليسا پيشرفت مي نمود. و از بت پرستان و زرتشتيان مرتباً ايمان مي آوردند.